第43集 究极魔兽军团袭来 小贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。后来，女恶魔兽、海魔兽、丧尸撒旦兽出现在现实世界，孩子们的数码暴龙与它们苦战。最后，所有完全体数码暴龙被丧尸撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被封印住不能动弹。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是它们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成为战士形态，一击打倒丧尸撒旦兽。这时，究极魔兽（粤语CV：陈欣）出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被绑架的孩子作威胁，带走了小贤…… 第44集 与黑暗数码暴龙的死战 大家乘阿助哥哥的车追亚基利兽的车。小贤在被绑架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠纪夫（粤语CV：冯锦堂）。原来他是亚基利兽和木乃伊兽的创造者，他想将小贤身上的黑暗种子移植到被绑架的孩子们身上。并且他就是小贤的哥哥死后发邮件给他的人。人面战鹰兽与女恶魔兽（粤语CV：刘蕙云）战斗，被打成重伤。小京为救被女恶魔兽捉住的人而被女恶魔兽攻击，人面战鹰兽为保护小京而打倒女恶魔兽。另一边，古神兽与海魔兽战斗，伊织和阿武到医院救人。经过苦战，古神兽打倒了海魔兽。小京和伊织都很矛盾，因为他们必须面对有思想和生命的数码暴龙。雷龙兽很快要追上绑架小贤的那辆车了，而究极魔兽也出现在那辆车面前…… 第45集 黑暗之门 战士形态的帝皇龙甲兽、人面战鹰兽与古神兽与究极魔兽对决，但是根本伤不了它，而且它的杀伤力巨大。大辅他们商量将究极魔兽送回数码世界，但是究极魔兽居然自己能打开数码世界大门。正当大家绝望时，小贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，小贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码暴龙的合力攻击，终于将究极魔兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到孩子身体里了……
